关键步骤：整体上市
如前文所述，东软自1999年开始大规模扩张，但是却并未在主营业务方面获得应有的业绩体现。上市公司东软股份的销售额虽保持高速增长，但盈利状况却开始下滑，2000年净利润为1.67亿元，2001年下降到了1.35亿元，2002年更是跌至0.79亿元。
造成这种状况的原因，一方面是人员大规模扩张导致成本极速上升，同时某种程度上也说明，东软从应用软件提供商转型为系统解决方案提供商的战略转型，经历数年时间依然未能走上正轨。
其实，东软1999年之后几年扩张所收获的成果，更多体现在集团层面。比如，东软在各地建的软件园以及软件学院的投资，大部分都是成了东软集团的固定资产，而并不在东软股份的体内。
在东软集团的资产规模膨胀速度大过上市子公司东软股份的趋势之下，刘积仁开始酝酿东软集团的整体上市事宜。一来可以最终解决母子公司的关联交易问题，二来也能为东软集团的最终完成改制埋下伏笔。
为了实现东软集团的整体上市，刘积仁先行游说东软股份的第二大股东日本阿尔派株式会社，让后者由持股上市公司东软股份转换成持股东软集团。但这个提议开始时遭到阿尔派的反对，因为他们不理解，原本持有的是易于变现的上市公司股票，为什么要转换成难以变现的集团公司股权呢？
刘积仁向阿尔派给出的承诺是，东软集团未来一定会整体上市，而且其持有的股权必定会增值。
于是，在2003年9月，东软集团与阿尔派签署协议，后者将其持有的东软股份25.04%股权，整体转让给了东软集团，至此东软集团对东软股份的持股比例由35.20%上升到60.24%；与此同时，阿尔派将所得现金又转手投资入股东软集团，并获得东软集团24%的股权。
而宝钢作为东软集团的主要股东之一，显然是愿意积极推动东软集团整体上市的，因为届时自己所持股份不仅有望获得流通变现，而且其持有的股份估值也将不再是按照净资产的口径来评估，而是按照市值的口径来评估，溢价程度就大大增加了。为此，宝钢又协议转让了部分股权给东软工会，以示对刘积仁的支持。
2003年开始之后几年，东软集团的软件外包业务获得迅速增长，继阿尔派之后陆续与东芝、英特尔、飞利浦、ASP等IT业跨国巨头达成业务合作，而这些企业也相继成为了东软集团的战略投资者。随着东软集团的股东数量越来越多，其股权结构也开始朝着分散化、多样化的趋势演变，作为控股股东的东北大学所持股权也就不断被稀释了。这为东软集团的后续改制打下了有利的基础。
到2006年之时，东软集团的股东中，同时存在着数家国有股东、数家外资股东以及工会持股。此时的东软集团第一大股东虽然依然是东北大学，但其持股比例已经降到了25%以下。
完成了前述这些铺垫性准备之后，2007年，东软集团正式启动了整体上市计划，具体方案是东软股份“换股吸收合并”东软集团。2008年1月该方案获得证监会批准，2008年5月母子公司的合并宣告完成，东软集团实现整体上市（“东软集团”注销，“东软股份”更名为“东软集团”）。整体上市完成之后，管理层持股的“沈阳慧旭科技”获得上市公司17.17%股权。
东软集团的这次整体上市中途发生过一个小小的波折，方案第一次提交给证监会时被否决了。其原因是当时东软集团2600余人的工会持股（即此前“汇聚投资”所持股权），因人数太多便委托给华宝信托代为持有，而这种方式不被证监会许可。证监会的理由是，职工工会通过信托持股的方案在A股历史上没有先例，信托计划本身也不是法人单位，不具备持股资质。
于是东软集团职工持股会不得已将信托持股转了回来，改成由控股公司“沈阳慧旭科技”持股，而且人数由2600多人压缩成了只包括中高层的145人（证监会规定不得超过200人），此第二次提交的方案，方获得证监会的批准。
持股人数由2000多人压缩成了145人，那些出局的人是如何对其进行利益补偿的？有媒体曾披露，其实其余的人并未出局，而是通过这145位管理层代持股份，虽然他们表面上并不持有股份，但是会定期拿到属于他们的分红。对于此种传言，刘积仁并没有正面回应：“这就是员工之间个人的事情了，公司也管不着，作为公司也不可能去干涉个人的事情，我们需要做的就是符合法律的要求。”
作为东软改制关键步骤的整体上市事宜，从2000年起就开始在刘积仁心里酝酿，直到8年之后方告完成。期间充满了各种政策的不确定性，以及伴随而来的波折，刘积仁一路坚持了下来。
《超越技术——东软17年增长之谜》一书作者邓羊格做了一番自己对刘积仁的解读：“国企改制问题始终是个敏感问题，其实在这8年时间里，刘积仁一直在通过迂回的方式坚持，有时机的时候他就跨一步，时机不对就停下来，期间他甚至还想过将东软集团到香港去上市。东软的改制，不仅是为了他自己的利益考虑，也要为他身边那些一直跟随他十几年的下属们考虑，妥善解决他们的激励机制问题。与此同时，他的坚持与诚恳也赢得了企业外部人士对他的支持，比如，作为上级主管单位东北大学的校长，就积极支持刘积仁对东软的改制，并且与刘积仁一道承担起东软改制的某些政策风险。”
