目前，我国科技企业孵化器（简称“孵化器）正在从提升增值服务逐步向科技金融服务过渡。建设孵化器创业投资体系、完善孵化器投融资服务，成为孵化器下一步发展的主流方向。
完善孵化器投融资的必要性
首先，开展创业投资是自身发展的需要。我国科技企业孵化器自上世纪80年代后期出现以后，在以”火炬中心“为核心的政府部门的领导下，孵化器事业有了长足的发展。到2010年底，全国共有科技企业孵化器近700家。但是，大部分孵化器仍停留在提供简单的科技物业服务层面，孵化器自身发展受到限制，难以跟上创业环境变化与创业企业的需求变化。
其次，开展创业投资是孵化器持续发展的必然抉择。孵化器的服务内容，从它的诞生到现在一直在演变、丰富和发展着。从国内外孵化器的发展历史来看，孵化器的服务已经从传统行政服务发展到以提供各类增值服务为主，再到以投融资服务为主，这是孵化器适应新经济时代的必然发展之路。据哈佛商学院2000年所作的一次调查，在美国，那些只提供一般性行政服务的传统孵化器所培育的初创企业几乎都胎死腹中。因此，美国现有还在运行的孵化器几乎都把增值服务作为工作的主要内容。
第三，孵化器开展创业投资不仅是孵化器自身发展的需要，也是创业企业发展的需要。通过创业投资，能够有效缓解在孵企业融资难的问题，增大孵化资源供给能力，加强孵化器与在孵企业间的联系与合作，推动企业创新，实现在孵企业与孵化器共赢。
孵化器投资运作模式
针对孵化器创业投资发展的不同阶段及其拥有的资本实力，孵化器通常采取不同创业投资运作模式：在孵化器发展的初期，孵化器工作以行政服务为主；进入成长期的孵化器，开始其”种子“资金的设立与运行，注重培植孵化器自身建设与扩张。我国科技企业孵化器目前基本都建立了企业入园项目筛选及跟踪机制，孵化器在孵企业的新上项目都是最新技术成果或最新创意，经过入孵过程的严格筛选及跟踪，一些具有启动资金少、潜力大、风险高等特性的项目便可以作为重点项目来关注。
当孵化器进一步发展到扩张期和成熟期，它作为投融资平台，就必然会通过建立创业投资基金，适应进一步持续发展的需要。孵化器作为创业投资机构的出现是其发展过程的一大转折，是它上升到新平台的标志。目前，国内有许多孵化器设有创业投资基金，通过对在孵企业的创业投资，实现了在孵企业和孵化器自身的共同发展。
创新孵化器投资的出资方式
与普通创业投资机构不同，孵化器作为一个特殊的创业投资机构，不仅可以现金出资方式投资在孵企业，而且可以房租、设备入股方式进行投资，甚至可以服务入股方式进行投资。
现金入股。这是创业投资的典型出资方式。现金出资最简单，容易计算股权比例，但需要孵化器有足够的孵化资金。创业中心从2008年开始，专门设置了300万元的创业投资基金，用于开展在孵企业的早期投资。
房租入股。所谓房租入股，就是孵化器将入孵企业应支付的房租折算成股份投资入孵企业，被投资企业不再支付房租。这种方式适合所有孵化器，一方面可以降低入孵企业创业成本，另一方面孵化器不需要另筹资金即可投资入孵企业。创业中心早期的创业投资主要采用房租入股方式，取得了较好的效益。
设备入股。设备入股是指孵化器将仪器设备或仪器设备使用权折算成股份投资入孵企业。设备入股与现金入股在本质上差不多，都需要孵化器支付现金。但设备入股相对于现金投资风险要小一些。设备作为一种有形产品，虽然每年有折旧，但有一定的使用年限和剩余价值。
服务入股。服务入股是指孵化器以其对入孵企业的服务折算成股份投资入孵企业，如提供财务服务、人力资源服务等，入孵企业可以专心开展其核心业务。这种方式要求孵化器有较强的增值服务能力，同时能够被入孵企业所接受。
关于孵化器投资的策略
首先，设立独立的创业投资基金，稳定创投资本供给。大多数孵化器开展创业投资初期阶段，没有设立专门的创业投资基金，而是从孵化基金中，根据投资需要临时安排资金进行投资，具有很大的随意性，资金来源不稳定，当有好项目时，不能保证资金及时到位。这样既不能培养专业投资团队，通过专业管理防范风险；也不能保证创业投资的持续性，无法通过组合投资分散投资风险。因此，孵化器开展创业投资需要设立专项资金及后续资金的跟进，以保证创业投资的持续性，在提升创业孵化服务的同时，通过投资退出机制提升孵化器的自身盈利能力，实现良性循环发展。
其次，建立专门管理团队，用专业管理防范风险。科技企业孵化器要开展创业投资，完成战略转型，除了选择正确的盈利方式外，还要建设一支与盈利模式相匹配的高素质管理团队，以控制孵化器的投资风险及财务风险。
孵化器的管理团队应包含多层次、多方面的管理人员及专业服务人员，对高新技术产业发展趋势的判断能力，对优秀创业企业的筛选能力，对创业者成为优秀企业家的甄别能力，对孵化资金的管理能力等都要有相应的人员配备，特别是专业创业投资人才的配备和培育。
第三，建立与创业投资相匹配的业绩激励制度，吸引和留住人才。我国目前很大一部分孵化器是挂靠在政府部门下的事业单位。非盈利性政策取向导致孵化器没有建立有效的激励机制，没有建立孵化器的社会效益和员工利益的双赢机制。
