以现代物流业、金融保险业、信息服务业、科技服务业和商业服务业五大行业为代表的现代服务业5年分别贡献税收收入31亿元、37亿元、47亿元、61亿元和67亿元，其中2006年、2007年、2008年三年增长均超过了20%。从税源结构看，金融保险业和现代物流业居行业税收前两位；从税负水平看，行业间税负水平分布不均衡，其中，信息服务业、科技服务业和金融保险业都超过了8%，而现代物流业和商务服务业则仅为6.1%和4.6%。值得注意的是，除了商务服务业外，其余四大行业的税负水平都要高于全国平均水平。
税收立法应逐步统一。目前，针对现代服务业的各项税收政策，大多以税收优惠条款的形式散布于各个单行文本，缺乏全国统一的规划；在立法级别上，大多以意见、通知甚至是批复的形式出现，法律效力相对较低，立法形式也缺乏稳定性；同时，多数地区均出台了相应的财税扶持政策，但优惠方式和力度都存在一定差别，极易造成行业税负在地区分布上的不均衡。
税收制度设计应更趋合理。税制设计的不合理集中体现在兼营业务上。新营业税暂行条例基本沿用了旧条例的原则，即：应税劳务为兼营项目的，应当分别核算，分别适用各自的税目税率；不能准确核算的，一律从高适用。但随着社会的发展，经济活动的整体性日益明显，现代服务业涉及的劳务作为统一的整体，各环节间往往具有密切的联系，比如现代物流业，在服务外包的情况下，货物的包装、运输、仓储、装卸及信息服务等环节紧密衔接，如果人为地将各环节割裂，分别适用3%或5%的税率，显然不利于行业的整体运作。
提高税收政策的导向作用。以金融保险业为例，目前，金融保险业执行5%的营业税税率；在2010年浙江等省下调娱乐业营业税税率后，大部分营业税税目适用3%或5%的税率，金融保险业5%的税率相对于建筑、邮政等3%的税率明显偏高，相对其他计税项目也不具备明显优势；而且金融保险业的计税依据为营业额全额，包括各类实际上不应归属企业收入的价外费用。
调整税收政策的行业偏好。当前，国有资本在文化教育、邮电通讯、铁路运输、水电供应等诸多领域仍然占据绝对支配地位，民营资本在这些行业的市场准入方面面临着诸多限制性条款。同时，在这些垄断行业中运营的国有资本还能享受税收优惠政策，如对国家邮政局及其所属邮政单位提供邮政普遍服务和特殊服务业取得的收入免征营业税等。这些政策在国家掌控国民经济命脉以及保护国有资本运营方面起到过积极作用，但也在客观上造成了各经济类型、各行业、各企业间的不公平竞争，不利于现代服务业的均衡发展。
清晰税收优惠的目标定位。首先，税收优惠的环节不合理。现代服务业以高资本投入、高技术支撑为基本特征，产品和劳务的科技含量相对较高，这往往意味着产品开发环节的高投入和高风险。但目前的税收优惠大多集中于产品研发成功之后，而对研发过程中的风险控制、技术更新等环节的支持力度不大；其次，税收优惠对高科技产品和劳务的倾斜不够明显，没有突出应有的知识经济导向，以产业为重点的税收优惠对优惠的目标、重点都不够清晰，使得现代服务业在与传统行业的竞争中优势不够明显。
构建完善的现代服务业立法体系。在我国立法改革的框架内，针对目前现代服务业税收立法缺乏统一性和规范性的现状，可从以下几方面进行努力：
一是要努力提高立法层次。对现行税收优惠政策进行梳理，改变以部门规章、意见、通知为主的形式，整合现有松散的税收优惠条款，对临时性、过度性政策加以清理，对需要保留的政策通过全国统一的系统性规划，将政策以法律法规的形式加以明确，增强政策的法律效力及其可预期性。
二是提高现代服务业税收政策的针对性。既要对现代服务业实施全国统一的、相对优惠的税收政策，推动现代服务业发展，又要根据各行业的不同特点，有针对性地实施差别化的优惠政策，体现行业差别，实现行业税负的公平。
三是对各地已出台的地方性政策进行整顿，效果好的在全国范围内加以推广，效果不好的予以废除，对危害国家经济利益、造成地区间恶性竞争的政策，坚决加以废止，以此消除人为因素造成的税负差异，实现地区税负的公平。
实施税制改革，降低行业税负。建议对物流业单独设置“物流业”税目，对行业运营涉及的包装、运输、仓储、装卸及信息服务等劳务征收统一的营业税，税率可定为3%，既能有效减轻企业业务核算的工作量，又有利于行业的整体经营；同时，根据物流业的特点，对行业发展实施相应的税收优惠。如针对营业税不能扣除上道环节已征收的税款，容易造成重复征税的事实，可参照现行交通运输业的规定，对物流行业实施差额计税，准予其将外包给其他单位的仓储、包装、设计等劳务从其总收入中扣除，降低经营性劳务的税负。
建议逐步降低金融保险业的营业税税率，由5%过渡到3%，以体现国家政策对该行业的扶植，增强金融保险劳务相对其他应税劳务的竞争力；同时，改变金融保险业多数劳务按营业额全额计征营业税的方式，允许其扣除代收代付价款等不属于企业经营性收入的项目，降低行业整体税费负担。
降低行业准入门槛，促进行业间的税负公平。出于国家战略等多方面因素考虑，政府一直没有放开对邮电通讯、铁路运输、金融保险等重点领域的准入限制，对非国有资本进入这些领域设置了重重障碍；同时，对垄断经营的国有资本还给予相当的税收优惠，这不仅造成了行业间实际税负的差异，不利于服务业的均衡、统一发展，而且也限制了行业内部的充分竞争，丧失现代产业应有的生机和活力。因此，必须积极稳妥地推进上述行业的开放力度，加大对非公有制企业税收优惠力度，实现各经济类型企业在税收上的同等国民待遇，促进现代服务业各行业协调发展。
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