有数据显示，2010年中国物流总费用占国内生产总值比重约18%左右，比发达国家高出一倍，过高的物流成本是商品价格畸高的重要因素。今年5月关于“物流顽症”的连续报道，反映出我国物流成本过高的许多深层次原因。该问题已经引起国务院高层的重视。
交通运输部、国家发改委等5部门6月14日联合发出“关于开展收费公路专项清理工作的通知”（以下简称《通知》），拟用1年时间进行专项清理。该《通知》主要重申了2004年国务院《收费公路管理条例》的内容，并没有新的重大举措。那么，如果国务院的条例尚不能得到实施，5部门的《通知》就能解决问题吗？因此，首先需要弄清的是：物流成本过高现象背后的深层次原因到底是什么？
实际上，物流成本过高是公路经营主体的企业属性与公路基础设施公益性相矛盾的结果；是我国在交通运输规划与管理、城市规划、土地利用方面的政策法规相互掣肘、相互矛盾，政出多门的结果。
首先，我国的高速公路采用了“贷款修路、收费还贷”的发展模式，使我国高速公路迅速发展到世界第二的规模，这种模式本身决定了经营者要收费还贷，这必然推高物流成本。人们不能期望天上掉下一条高速公路，可以免费使用。不过，人们可以期望高速公路的经营主体是不以盈利为目的的特殊法人，从而在公路发展和支付发展代价方面获得某些平衡。
但现在的问题是，相当多的公路经营者是以盈利为目的的企业法人。2010年上市公司年报显示，在A股上市的19家路桥收费公司，平均净利率高达35.51%，超过石油、证券和房地产，成为2010年“最暴利”行业。这些企业的大股东都是各省交通集团的国有企业。公路是国家交通基础设施，具有一定的公益性，而公路的经营主体受到利润最大化考核目标的驱动，二者相互矛盾。这就注定了专项清理不合理收费工作很难取得成效。
更难以解决的是，很多地方领导为追求政绩，修了许多亏本高速路，然后把亏本路和盈利高速路打包给省交通集团经营。更严重的是，由于各种原因进行了高速公路经营权转移。对这类问题没有明确的政策和监管规则，减免赚钱高速路收费和偿还完贷款即停止收费的要求就难以实施。
因此能够起作用的解决方法是，首先改变各省交通集团及其控股企业的性质，使它们成为不以盈利为目的的特殊企业法人，公路交通基础设施的经营只能微利保本，而不是赚钱的工具。
其次，各种交通方式的主管部门相互分割，交通运输与土地利用、城市规划的主管部门相互分割，这种相互分割的最大弊端是各部门的规划、政策法规相互掣肘，在这样的体制政策框架下，满足各部门利益的规则或行为方式，造成了物流总成本的不合理上涨。
我国公路集疏港运输占了84%，江海联运占了14%，只有2%通过铁路运输集疏港，而发达国家港口和铁路衔接配合的运输比例通常都在30%左右，美国甚至能达到40%，就连印度海铁联运也达到了25%。公路集疏港运输造成物流成本的增加和对城市交通的干扰。我国最大的港口—上海洋山港，在规划上就不通铁路，一个重要原因是公路港口和铁路有不同的主管部门，二者没有协调好；港口城市还要涉及与城市规划、土地利用管理部门的相互协调。
而协调的前提是有相应的政策法规、规划导则、工作流程。这里应当有在什么条件下要用铁路疏港的规则，并根据港口的吞吐量、向内陆的辐射范围、货物品类等因素确定。但分割管理的各部门都没有制定这类规则的动因和权利，因为这要涉及其他部门的管理职能范围。这样海铁联运在规划阶段，就可能因为资金不足、没有土地指标、与城市规划不符等各种理由而搁浅，能否协调成功完全依赖于偶然性。
仓储和集贸市场布局区位不合理是推高物流成本的一个重要因素。有数据显示，存储成本占物流总成本的三分之一，占国内生产总值的5.9%。城市生活每天需要大量商品、食品蔬菜进城，缺少仓储设施，会造成仓库紧缺，价格上涨；鲜活产品集贸市场远离城市，会造成鲜活产品多次倒运，价格暴涨。中国仓储协会会长称，近十五年中国仓储面积零增长。
这里需要有在大型商场及超市多远的距离应当规划仓储设施的规则，在鲜活产品集贸市场多远的距离应当规划鲜活产品批发市场的规则，否则就会因多种原因，例如交管部门对大货车的不合理限制，造成面包车化整为零运货，或鲜活产品多次倒运，使物流成本不合理上升。但在我国没有制定仓储设施和批发市场规划导则的管理部门，交通运输部管不了仓储用地规划，更无法涉及鲜活产品批发市场用地规划，它们分属国土和城市规划部门管理，规划和政策的不衔接造成物流成本上升。在日本，国土交通省综合了交通、国土、城市建设管理的职能，每五年制定一次《综合物流施策大纲》，从国土规划的角度专门规划物流区域，协调了城市发展与物流的关系。
我国正处于高速城市化进程中，交通运输、土地利用、城市规划间缺乏协调导致的严重问题不仅在推高物流成本上，更严重的是在城市形态、交通拥堵、城市房价方面。我国应当设立与日本、德国、法国等类似的，综合交通、国土、建设管理职能的部门，以综合性更强的大部制为体制保障，理顺政策法规，制定合理规则，以适应市场经济条件下快速城市化的挑战。
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