“自由经济示范区”见于马英九第二任就职演讲中，2012年5月20日，马在那次演讲中说，台湾要从五个支柱全面提升竞争力，让台湾在接下来四年脱胎换骨、迈向幸福；其中，强化经济成长动能是提升台湾竞争力的第一大支柱，而经济动能的核心，在于经济环境自由化。其实，在马竞选第二任期间，他提出的台湾“黄金十年”规划，即把建立自由经济示范区作为重大经济建设方案，他当选后立马把该方案交由“经建会”主导推动。不过，这一重大经济建设方案却始终在讨论阶段，规划内容多次调整，出台时间数度延后。2012年有 “尹启铭版本”，2013年则有“管中闵版本”，示范区如何“自由”，可谓各说各话。
2012年，时任“经建会主委”尹启铭推出的方案，规划要把自由经济示范区建成亚太产业创新整合中心、新世代国际物流中心、国际人才培训中心、亚洲重症与观光医疗中心、农产品加值运销中心等五大中心。试验地规划在高雄。2013年2月18日，刚接任“经建会主委”的管中闵称此前规划太庞杂，将对前任方案进行大幅调整：五大中心砍掉国际人才培训中心，合并新世代国际物流中心、农产品加值运销中心。至于试验地，管中闵希望台湾北、中、南各一，台湾北部结合台北港与桃园航空城，台湾中部为台中港，台湾南部以高雄港与南星计划结合，且“每个地方的特性不完全一样”。
对于示范区重点产业，管中闵强调不排除制造业，但最重要的是以高端服务业为主，突出“服务业试验区”概念，示范区以扩大与升级现有自由贸易港区作为基础。
中国社会科学院台湾研究所王建民研究员指出，自由经济示范区规划方案不断修改与变更，新方案能否得到“行政院”认可，仍存在变数，显示出台湾当局的经济政策规划不严谨，显示出台湾经济改革与创新之难。示范区如何实现“自由经济”？尹启铭的思路是，区内人流、金流、物流要高度便捷，各类生产要素自由化后结合台湾产业、人文、地理优势，推动台湾成为亚太自由经贸中心。
自由经济示范区的本质在于“境内关外”，以特别优惠的用地、用工、用钱（融资）、税收政策，以及便利的人力、货物、资金流动，来吸引台资回流和外资入驻。用地方面，台当局为吸引台商回流，推出了“006688”优惠政策，即台商回来设厂租地第一、二年0租金，第三、四年交租金的六成，第五、六年交租金的八成，示范区还要在这用地优惠基础上，再延长优惠时间或者加大优惠幅度。
用工方面，台当局严格限定企业使用外劳，每家企业使用外劳必须参照使用本地劳工的数量，这一比例最高不得超过40%，就是说每使用10个本地劳工，不得超过4个外地劳工。将来在示范区内，使用外劳比例也必将更加放宽。再如税收，台经济部门曾研拟示范区内企业所得税“五免两减半”，即前五年免税，后两年减半征收，可是遭到了台“劳委会”及“财政部”的反对。一些企业表示，“五免两减半”操作复杂，不如单一税制来得可行。目前岛内企业所得税为17%，已是相当优惠，如果放在自由经济示范区，则需更加优惠，才有助于打造示范区的群聚效应。同时，区内企业进出口还需免关税。
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