商家缺乏推广移动支付的积极性
除了监管、标准和行业协作外，商家推广移动支付业务时遇到的问题也不少。目前银行和三大运营商都在推移动支付业务，而且标准还不统一，不同的业务形式、平台规范和商业模式往往给商家带来迷惑：到底要和哪一家合作呢？有些商家采取了“找平衡”的方式，与多家服务商合作，这又给商家增加了成本。
现在能够接受移动支付付款消费的商家还不多，而商家对硬件进行升级改造的积极性也不高，这主要是因为商家对移动支付未来的发展前景看不清楚，有移动支付需求的消费者不多。目前国内约有几百万台联网的POS机，改造一台POS机的成本约为300元，还不包括软件升级的费用，这样算下来，总投入近10亿元。在前期，银联承担了一部分费用，它的目的是通过改善移动支付的受理环境，促进发卡量增长，带动商家投资移动支付受理机具改造的积极性。但未来大规模的投入和推广成本将如何分担也是一个需要解决的问题。目前看来移动支付有可能在一些特定的场所先推广，如大型的高校，电影院，水、电、煤气费的支付等。
除了成本问题以外，商家受理移动支付方式，也会给目前业务的运营和管理带来一些冲击。比如高校会对发放的消费卡收取一定金额的押金，一般这些押金会在学校的账户里存放四年，而如果学生丢失消费卡后补办还需要再缴纳费用。虽然押金的金额不大，但是由于学生人数众多，押金总数所产生的利息对学校来说也是一笔收入。如果采用移动支付的形式，高校这笔押金的收入就流失了。
再比如，由于要面对由银行、公交、众多第三方发卡机构发放的多种金融卡，商家需要安装多台POS机，在超市里，经常能看到一个结账柜台上会放十多种刷卡机器，有时顾客会走错结账通道，收银员就得拿着这个卡到其它的收款台去刷卡，这不仅给商场工作人员带来了麻烦，同时也给消费者带来了负面体验。
应用范围较窄和用户体验不佳
在应用范围方面，移动支付面临的局限性也很多。从消费者的角度来看，八成以上的手机消费者希望把公交卡、银行卡功能都集成到手机上。如果手机能够取代银行卡，那它将具有无限广阔的发展空间。而目前，移动支付的应用范围还远远没有达到这样的程度。而移动支付创新型应用的开发，更是落在了后面。
从理论上讲，和其他移动应用结合在一起的移动支付，能够为消费者提供多项强大的服务功能，比如查询账户信息和消费记录、基于位置的促销和商品推荐、比价服务等等。其实在这些方面，消费者的需求还是比较大的，毕马威的《全球消费与融合调查报告》显示，超过半数的中国消费者表示，他们会在零售网点使用智能手机下载赠券和流动礼品卡。但是目前在市场上，这些应用覆盖的范围还不够广，种类也不够丰富。
目前移动支付的应用还具有较大的局限性，而且用户使用该服务的体验也并不是很好，这都造成消费者使用移动支付的积极性不高。首先使用移动支付功能需要更换手机或是SIM卡。目前，更换手机可选的种类较少，价格也高；而消费者更换SIM卡、开通移动支付服务还需要到营业厅或银行柜台去办理相关手续。而且在用户使用进场支付服务时，由于种种技术原因，经常出现刷卡不流畅、数据传输中断等问题，这导致客户体验降低。
使用安全问题
安全问题则是导致用户使用率较低的另一个重要因素。两项分别针对国外和国内手机用户的调研显示，在所有消费者不使用移动支付的原因中，“担心信用卡安全”（国外手机用户52%）和“对安全性缺乏信任”（国内手机用户41%）排名第一。调查还发现，只有低于15%的手机用户完全信任移动支付，而65%的手机用户拒绝通过移动网络发送自己信用卡资料。上海的一次调查显示，几乎97%的人收到过垃圾短信，有二成人遇到过短信诈骗行为。可以说，对社会信用体系缺失的担心和无奈，在很大程度上制约了移动支付业务的发展。
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