昆曲的伴奏乐器，以曲笛为主，辅以笙、箫、唢呐、三弦、琵琶等（打击乐俱备）。昆曲的表演，也有它独特的体系、风格，它最大的特点是抒情性强、动作细腻，歌唱与舞蹈的身段结合得巧妙而和谐。在语言上，该剧种原先分南曲和北曲。南昆以苏州白话为主，北昆以大都韵白和京白为主。溯源昆曲形成的历史，可谓源远流长，它起源于元朝末年的昆山地区，至今已有六百多年的历史。宋、元以来，中国戏曲有南、北之分，南曲在不同地方唱法也不一样。元末，顾坚等人把流行于昆山一带的南曲原有腔调加以整理和改进，称之为“昆山腔”，为昆曲之雏形。明朝嘉靖年间，杰出的戏曲音乐家魏良辅对昆山腔的声律和唱法进行了改革创新，吸取了海盐腔、弋阳腔等南曲的长处，发挥昆山腔自身流丽悠远的特点，又吸收了北曲结构严谨的特点，运用北曲的演唱方法，以笛、箫、笙、琵琶的伴奏乐器，造就了一种细腻优雅，集南北曲优点于一体的“水磨调”，通称昆曲。
昆山人梁辰鱼，继承魏良辅的成就，对昆腔作进一步的研究和改革，让昆曲以清唱的形式出现，终于使昆腔在无大锣大鼓烘托的气氛下能够清丽悠远，旋律更加优美；对伴奏乐器改革原来南曲伴奏以箫、管为主要乐器，为了使昆腔的演唱更富有感染力，他将笛、管、笙、琴、琵琶、弦子等乐器集合于一堂，用来伴奏昆腔的演唱，获得成功。隆庆末年，他编写了第一部昆腔传奇《浣纱记》。这部传奇的上演，扩大了昆腔的影响，文人学士，争用昆腔创作传奇，习昆腔者日益增多，尤以歌妓为主。历史上有名的陈圆圆就会唱昆曲。分布由于昆班的广泛演出活动，万历末年，昆曲经扬州传入北京、湖南，跃居各腔之首，成为传奇剧本的标准唱腔：“四方歌曲必宗吴门”。明末清初，昆曲又流传到四川、贵州和广东等地，发展成为全国性剧种。昆曲的演唱本来是以苏州的吴语语音为载体的，但在传入各地之后，便与各地的方言和民间音乐相结合，衍变出众多的流派，构成了丰富多彩的昆曲腔系，成为了具有全民族代表性的戏曲。至清朝乾隆年间，昆曲的发展进入了全盛时期，从此昆曲开始独霸梨园，绵延至今六、七百年，成为现今中国乃至世界现存最古老的具有悠久传统的戏曲形态。
昆山腔开始其流布区域，开始只限于苏州一带，万历年间，以苏州为中心扩展到长江以南和钱塘江以北各地，并逐渐流布到福建、江西、广东、湖北、湖南、四川、河南、河北各地，万历末年还流入北京，到了清代，由于康熙喜爱昆曲，更使之流行。这样昆山腔便成为明代中叶至清代中叶影响最大的声腔剧种。
据学者研究称，“昆曲所代表的美学趣味虽然明显是南方的，尤其是江南地区的，但是其文化身份却并不属于一时一地，它凝聚了中国广大地区文人的美学追求以及艺术创造。正是由于它是文人雅趣的典范，才具有极强的覆盖能力，有得到广泛传播的可能，并且在传播过程中，基本保持着它在美学上的内在的一致性。”曲牌昆曲的音乐属于联曲体结构，简称“曲牌体”。它所使用的曲牌，据不完全统计，大约有一千种以上，南北曲牌的来源，其中不仅有古代的歌舞音乐，唐宋时代的大曲、词调，宋代的唱赚、诸宫调，还有民歌和少数民族歌曲等。它以南曲为基础，兼用北曲套数，并以“犯调”、“借宫”、“集曲”等手法进行创作。
曲牌是昆曲中最基本的演唱单位。全国共有300多种戏曲曲种，在音乐体系上分为两种：板腔体和曲牌体。绝大多数剧种是板腔体，少数是曲牌体。而昆曲的曲牌体是最严谨的。据民国年间的曲学大师吴梅统计南曲曲牌有4000多个，北曲曲牌有1000多。常用的也仅200多个。最流传的南曲曲牌如《游园》中的【步步娇】，【皂罗袍】，【好姐姐】、《琴挑》中的【懒画眉】，【朝元歌】。这两出戏也是用来为男女演员打基础的。故昆曲中有女学《游园》，男学《琴挑》的说法。
