国家版权局有关负责人3月29日再度约见百度高层负责人，明确要求百度从公司长远发展的角度高度重视版权问题，对权利人、社会公众反映的突出问题和自身存在的版权问题，要以负责任的态度进行积极整改，妥善处理。
国家版权局对百度近日采取的向作家致歉、删除有关文学作品等措施表示欢迎，但同时表示，对不同着作权人诉称百度文库侵权一事，百度公司应勇于面对，如违法属实要主动承担法律责任，版权行政管理部门将根据事实、依照法律作出处理。这是国家版权局自今年2月底首次对百度进行约谈并要求其提交整改报告后，进行的第二次正式约谈。
4月1日，国家版权局版权管理司负责人声称，对着作权人以任何形式依法维护自身权益的行为都坚决予以支持。对于百度文库正在进行的删除有关涉嫌侵权的文学类作品等措施，该负责人表示，百度较为积极的态度值得肯定，但这并不意味着问题的结束。国家版权局已对数十位作家反映的百度文库侵权问题进行调查，并将根据事实依法作出相应处理。他认为，无论是从网络内容提供商还是技术服务商的角度看，百度文库客观上都为侵权作品提供了传播渠道，对作家作品的版权构成了侵害，也在社会上引起热议。版权行政执法部门应在查明事实真相的前提下，依据现有法律法规，对百度文库是否侵权依法作出处理。对于百度能否整改彻底，他表示：“不仅要闻其言，更要观其行。”
4月5日14时20分百度文库显示，文学作品类文档数量显示共6820份，较3月15日前的280万份已删除约99.8%；但教育、外语学习、资格考试、专业文献、应用文书、生活娱乐等其余6类作品的数量并无明显变化。
