在有机产业迅速发展的同时，有机产品认证标志使用不规范等问题凸现。为规范有机认证行业的发展，国家正式启用“国家有机产品认证标志备案管理系统”，以确保有机认证的规范使用。
国家认监委要求有机产品认证机构和生产企业采取有效措施，保证有机产品认证标志仅在认证证书限定的产品范围、数量内使用，严禁在认证证书覆盖范围外的场所进行二次分装、加贴标识等行为。
有机产品生产企业应在销售的有机产品或者产品的最小销售包装上，加施国家有机产品认证标志（含有机转换产品认证标志）及其唯一编号（有机码）、认证机构名称或者其标识。
在将有机产品认证标志发放给有机产品生产企业前，将有机产品认证标志发放信息传送至备案系统。建立备案信息的电子台账或相应的信息系统对有机产品认证标志的发放、使用进行有效管理，确保本机构发放的每枚认证标志能够从市场溯源到每张对应的认证证书、产品和生产企业，做到信息可追溯、标识可防伪、数量可控制。
各认证机构应当定期或不定期进行市场抽样，验证有机产品生产企业合法、规范使用有机产品认证标志情况。对于违规使用认证标志的，应当及时暂停、撤销该认证证书；情节严重的，应当及时向当地认证监管部门报告。
消费者可在“中国食品农产品认证信息系统”的“有机码查询”栏目中，输入所持产品上的有机码，查询该有机产品认证标志所对应的获证产品的基本信息。通过最新的有机认证标志备案系统来规范有机认证标志的使用和行业的发展等。
