孙池曾对外透露，在扣除物流、人力、房租的成本之后，图书销售的净利润率约在3%。为了提升盈利能力，光合作用在门店内引进其他相关的文化产品，包括CD、杂志、文化用品等，这类商品是“非定价产品”，毛利率至少要比书籍高出10%。
光合作用关张，并非民营书店艰难生存环境下的孤例。今年7月，拥有17年历史的北京著名独立书店风入松贴出了停业通知；7月底，上海季风园书店也传来关闭的消息； 9月22日，广州仅余的两家三联书店也宣布结业。
任志鸿称，虽然中国目前在大力推荐文化产业的发展，但在图书出版乃至发行领域，国营和民营企业享受的是不同的待遇。在国外众多国家，图书行业都是低税或者免税的，而在中国，国营图书企业才享受税收优惠政策。这从一定程度上，加重了民营企业的发展负担。
除了运营成本上升、民企享受不同于国企的税收待遇之外，电子图书和电子商务的兴起，也是造成众多民营书店倒闭的重要原因。
伴随京东商城、当当网等电子商务网站的兴起，从2008年以来，通过电商渠道销售的图书年均增幅达100%。目前，电商渠道在出版社总体的市场占比已从以往的不到5%，增长到35%以上。
易观国际发布的《2011年第二季度中国网上零售市场季度监测》数据显示，网络图书销售同比增长84.5%，网络图书销售也成为众多B2C网站吸引流量、做大规模的“金饽饽”。
电子商务企业的价格战，曾致使传统出版企业遭受巨大压力。5月16日，京东商城打出了“全部少儿图书四折封顶”的促销广告，引起部分少儿出版社的强烈不满。5月17日，以中国少年儿童新闻出版总社、接力出版社为首的24家少儿出版社率先表示将维权，联合发表声明对京东商城的这一促销行为表示谴责。
对于网络图书销售市场发展前景的评价，苏宁易购总经理李斌表示，“完全有理由相信，随着网民人数的激增以及网络购物人群规模的持续扩大，也有赖于消费者网络消费习惯的建立和稳固，图书网络零售市场在未来的5-10年，仍将保持强劲增长的势头。”
电子商务企业夹击下的传统书店，需要依托转型以获得生存空间。任志鸿称，现在业内做得最好的台湾诚品书店，似乎是国内众多从业者的模板。未来图书销售必定只是一个载体，图书销售占到总营业额20%以下才合理，纯粹的图书发行和图书物流企业都无法生存。
