“十二五”时期，重庆将针对影响水运发展的短板问题，在发展方式上努力实现两个转变：一是实现传统运输业向现代综合物流服务业转变；二是实现由数量增长型发展模式向质量效益型模式的转变。在发展方向上突出三个重点：一是注重基础设施和运输工具的结构调整；二是注重服务体系和港航企业的提档升级；三是注重航运安全和运输能力的增强。在保障措施上：加大水运发展专项资金的投入，全市计划投资200亿元加快推进航运中心建设；实行土地、税收等优惠政策，为内河水运发展提供政策支撑。
“十二五”发展目标是：到2015年，重庆高等级航道里程达到1636公里，港口货物通过能力达到1.8亿吨、集装箱达到500万标箱，5000吨级船舶成为主力船型，航运服务体系功能基本完善，周边地区经重庆港中转货物达到50%以上，基本建成长江上游航运中心。
重点工作在于：
调整优化基础设施结构。采取整治、渠化等措施，使长江、嘉陵江、乌江达到三级（含三级）以上航道标准，支流对长江干流货运量贡献率达到30%以上。按照“港口、物流和产业”三结合原则，加快建设主城果园、万州新田等9个枢纽型港口。
提档升级运输船舶。到2015年，全市船型标准化率达到75%，传统内河水上客运向现代化高品质旅游客运转型，形成长江中上游规模最大的现代化船队。
完善服务体系功能。以重庆航运交易所为依托，推进内河航运与保税港区、保税区、物流园区和临港工业园区的有效对接和联动发展，健全长江上游航运中心服务体系。吸引国内外大型航运企业、金融机构的区域总部注册重庆，发展航运总部经济。
提升应急保障能力。完善三峡库区重要支流航道支持保障系统，在重点港口、旅游客运发达地区建设水上服务区。推进巡航、监管、搜救一体化，建设区域性水上应急救援基地、船舶洗舱基地、船舶自动识别等监控系统。
巩固拓展辐射范围。依托重庆高速公路网、铁路网和航空枢纽港，优化综合集疏运体系，实现枢纽型港口物流园区铁路进港，完善多式联运、江海联运、干支直达、水水中转的运输服务网络，形成直达和中转互补协调发展的格局。
