1997年的史玉柱只有两个选择：
一是破产，但是破产政府是不会同意的，因为巨人当时的知名度是非常大的，现在可能体会不到，（当时）珠海最出名的企业就是巨人，如果巨人破产了，那对珠海的投资环境是有很大影响的，所以我们跟政府官员谈（破产），政府不同意，说破产的事不能谈。因此我们后来就没有走破产的路，但是我们也救活不了，就说拖着吧，也只有这条路了，一拖着，我们也就没什么事干了。
对于“提请巨人破产”这个问题，史玉柱表示：
关于破产，我想强调一点，即使巨人破产，我个人也要还老百姓这个钱。曾经有债权人想提请破产，后来又没有提。因为巨人就剩个巨人大厦，进入破产程序大厦就要拍卖，拍卖是拍不出多少钱的，因为全要现金，再扣掉律师费，他一算拿不到多少钱。
史玉柱信誓旦旦地说：“即使巨人破产，我个人也要还老百姓这个钱。”当时，这句表白早已被外界的各种声音淹没，没人相信他能还得起这笔钱。
我第二次匆忙创业抱的最大目的就是要还钱，把旧债还清。创业时期，我就跟手下的人讲，我们最大的目的就是还钱，这老百姓的钱我一定要还，我现在年纪还不算大，还想再做点事，不愿一直背着这个污点，除非我自己将来甘心只当一个小老板。
对于有媒体说，“从法律的角度看，史玉柱应该承担所有的债务”。针对这种说法，史玉柱澄清说：
巨人是1992年注册（的），那时还没有公司法，所以也就没有有限责任这个词。那时我不是公司股东，以前的企业是集体所有制注册，集体所有制企业跟我没有什么关系。不过在1996年的时候，我以个人的名义把股份从当地政府买了过来，这才成为有限责任公司。既然是有限责任公司，进入破产程序，按法定的程序，公司破产以后，公司的债务，我的确可以不还。当时公司注册资金只有2225万（元）。企业破产的方式有两种，一个是债权申请，另一个是股东申请，按规定必须受理，我们没有提出任何申请。当时真正的股东有3个。
2000年8月26日，沉寂多年的史玉柱首次亮相于《对话》栏目。“重出江湖”的史玉柱上来的第一句话就是：一定要偿还老百姓的血汗钱。
2001年2月，史玉柱开始还债。
当时我有个10年计划。10年之内还清老百姓的钱，一年攒1000万（元），至于说能否提前我心里有底，但提前多长时间我不知道。
原央视着名主持人方宏进曾问过史玉柱这样一个问题：“很多人都在猜，你是当初跌到谷底时就已经下定决心要还钱，还是等到脑白金卖到一定程度，觉得有能力还了，才开始还钱的？实话实说。”史玉柱在深思了一会儿之后回答说：
我1997年夏天时是最胖的，当时巨人救不活了，人非常轻松，精神最好，还钱是我公开承诺过的，但那时候没有时间表……后来脑白金做起来了，我才开始考虑钱什么时候还的问题。
同时，史玉柱表示，还钱时并没有担心赚得还不够，他表示：
脑白金1999年已经有相当规模，但是那个时候我们还相当低调，实际上我们着手还钱的时候，手边已经有那么多钱了，当时把这笔钱从公司里抽走，公司（还）能照常运转。
在《对话》栏目中，企业界的女强人张树新对史玉柱的还债做法给予了极大的肯定，她说：“财富没有良心，人才有良心，假如人们今天赚钱一定要牺牲良心才能获取财富的话，那么财富就一定有原罪。如果我们再去赚钱的话，一定是在良心和财富之间作了一个平衡。”
巨人大厦“倒塌”后，史玉柱虽然痛苦，但不茫然，他把自己关在办公室里，一直在不停地思考。
我熟悉的领域就两个，一是电脑，二是生物工程。电脑业那个时候要白手起家已经很困难了，投入很大，而且销售额也许容易做起来，但利润很难做起来。
我将来想定位在生物制药上，非处方药。我们现在已经在着手这一领域的研发，包括一些尖端的领域，比如基因。我们的特长有两个，一个是营销策划还说得过去，另一个是还有待进一步建立的，就是研发。
当时，史玉柱的一位老领导来看他，问他的打算，他清清楚楚地告诉对方，自己想继续从事保健品行业。这位领导并不认同，他认为史玉柱可能是太想还债，以至于昏了头。因为在当时，中国的保健品市场上已经有众多知名品牌，人们都认为这个市场已经饱和。但史玉柱坚持了自己的意见。当年，在深入调查的基础上，他得出的结论是，中国的保健品市场远未饱和。
当初巨人失败的时候，很多人都说我们不该放弃IT去搞生物制药，可是现在我和IT界的企业家聊天，没有一个说我走错路的。
生物技术发展的速度很快，有很多机会，就看谁把握得住。现在基因还很神秘，可能3年后，生活中就有基因技术形成的产品了。我们很难跟国外大公司全方位竞争，但是可以集中火力，寻求局部突破。中国并不缺人才，缺的是钱，而基因研究不需要多庞大多昂贵的设备。前不久中国人在武汉做的基因测序，并不比国外差。我们也不排除合作、购买的方式，但你一定要介入，一定要懂，才能发现和把握它的商业价值。
我并不参与研发的具体环节，但需要把握研发成果的商业价值。我过去不懂基因，可以学，我们聘请了基因博士，跟他们学。半路出家不是问题，电脑我也是半路出家，我大学学的是数学，研究生学的是软科学，没有专门学过电脑。
事实上我钻研基因差不多（有）两年了。
当时，尽管史玉柱已负债2亿多元，可他的兜里还有一张牌，那就是脑白金。巨人危机爆发之后，巨人集团在全国的分公司和营销网络都迅速瓦解。但是巨人在美国的公司还没有受到影响，负责研发的是史玉柱的大学同学袁彬，也就是当初为史玉柱开发脑黄金的人。1997年8月至9月，在美国研发的新产品脑白金进入攻坚阶段，1998年上半年研制成功。直接生产后，马上就可以投放市场。
史玉柱将市场的重点放在了华东，他认为：巨人集团和他史玉柱个人在珠海的信誉已经丧失，要在珠海建立根据地那是不可能的；华东地区本身就是一个大的市场，并且具有很广泛的辐射作用；另外，华东地区人们的生活水平都比较高，因而那里的人们对保健品更容易接受；再者就是因为当年的脑黄金在华东地区的销售不错。
1998年，史玉柱分别在上海和珠海注册了公司。“因为要对全国市场做调研，史总也没有办公室，自己拿了一个小箱子，把它作为移动的办公室。”巨人集团副总裁程晨回忆说。
新公司的思路和产品来源都已经有了，就是缺乏资金。
至于启动资金，2001年，史玉柱在接受媒体采访时说：
离开珠海的时候，真的是一贫如洗。这之前手机已经不用了，交不起话费。直到去年（2000年），我才重新用上手机。我们的人出差主要是坐火车，坐硬座。工资也非常低，有一段时间，我们的副总经理，月工资也就是几百块钱。这两年如果要回顾的话，主要就是一个字：苦，比1989年刚刚出来创业时还要苦，那个时候苦是苦，（但）没有心理负担。
离开珠海的时候，新公司的思路包括产品来源都已经有了，但是没有钱。
史玉柱从朋友那里借了50万元作为启动资金，把借来的钱作了如下分配：先拿出5万元，给几十个一直跟随着他的工作人员补发了拖欠的工资，稳定军心，鼓舞士气；15万元给了无锡一家公司用于生产脑白金；留出15万元做预备资金；剩下的15万元全部砸向了江苏省江阴县。
启动资金就是这么来的。刚开始我们做得很小，就做江苏一个县。两个月后打开了市场，有了一点利润，就做下一个地方，就是这样一点点滚出来的。到现在，除了广东、北京，内地其他省份都在做了。我们一直是合作生产，到后来我们收购了江苏一个地方负债率很高的药厂，才有了自己的生产线。现在公司的销售额旺季的时候是千万元的量级。
史玉柱每次谈到巨人的复苏，都会提到“江阴调查”。在他看来，“江阴调查”是巨人危机后的一个分水岭，他从那个时候起对巨人的东山再起有了信心。
“脑白金”推出来之后，迅速风靡全国，到2000年，月销售额达到1亿元，利润达到4500万元。史玉柱在全国建立起了拥有200多个销售点的庞大销售网络，规模超过了鼎盛时期的珠海巨人集团。
