1995年，巨人集团推出12种保健品，投放广告1个亿。脑黄金取代巨人汉卡成为巨人集团新的摇钱树。1995年，仍然认为形势一片大好的史玉柱往巨人大厦地下三层又砸了一亿多元。直到1996年5月，史玉柱依然按照此法来建造巨人大厦，他把各子公司交来的毛利2570万人民币净留下850万元资金全部投入到巨人大厦。
1996年7月，巨人大厦资金告急。全国保健品市场普遍下滑，巨人集团保健品的销量也急剧下滑，维持巨人保健品业正常运作的基本费用和广告费不足，巨人保健品业的发展受到了极大的影响。
这时，史玉柱仍然决定将保健品方面的全部资金调往巨人大厦，一心想着去填补巨人大厦资金的空缺。史玉柱当时的想法是：“我可以用脑黄金的利润先将巨人大厦盖到20层。先装修20层。卖掉这20层，再盖上面的。”那时，脑黄金每年已经能为巨人集团贡献1个多亿利润。然而出乎史玉柱意料的是，保健品业务因资金“抽血”过量，再加上管理不善，迅速盛极而衰。脑黄金卖不动了。尽管百般腾挪，史玉柱手中的资金最终还是枯竭了。正如柳传志所言：“他把所有的边界条件都按最好的方向去设想，稍微一个环节一垮就要出事。”
老天似乎要为难史玉柱，巨人大厦非常不巧地建在三条断裂带上，为解决断裂带积水问题，巨人大厦为此多投入了3000万元。在此期间，珠海市还发生了两次大的水灾。巨人大厦的建设受此影响，地基两次被泡，整个工期耽误10个月。1996年9月11日，巨人大厦终于完成了地下室工程，11月，相当于三层楼高的首层大堂完成。
此后，巨人大厦将以每5天一层的速度进入建设的快速增长期。但是，此时的史玉柱手头已经没有资金了。合同上规定，巨人大厦施工3年盖到20层，1996年年底完工，但由于施工不顺利而没有兑现。当初，在国内签订的楼花买卖协议规定，大楼一期工程（盖20层）完工后履约，如未能如期完工，应退还定金并给予经济补偿。
而当1996年年底大楼一期工程未能完成时，建造巨人大厦时卖给国内的几千万楼花就成了导致巨人集团财务危机的真正导火索。国内购楼花者天天上门要求退款。媒体“地毯式”报道巨人集团财务危机。得知巨人集团资金链断裂之后，“巨人3个多亿的应收款收不回，全部烂在了外面。” 此时的巨人集团因财务状况不良，无法退赔而陷入破产的危机。不久，只建至地面3层的巨人大厦停工了。
1997年1月至8月，史玉柱在美国四处奔走，找钱未果。就在这紧要关头，种种意外的事情发生了。巨人大厦是政府支持的项目，此时巨人集团出现危机，政府是不会丢下不管的。1998年10月，珠海市政府召开巨人大厦贷款现场会。原珠海市长、市委书记梁广大要求银行为巨人大厦贷款。然而，在两周之后，梁广大闪电退休。事后，史玉柱说：“如果梁广大晚退休两周，巨人大厦的结果不是今天这样……”此后珠海市政府依然没有放弃巨人大厦，他们另外找到一个房地产商接盘巨人大厦。一切都进行得非常顺利，设计修改了，合同起草了，政府配送的地也批了，然而，就在那最后一刻，对方反悔了。此时的史玉柱反而感到浑身轻松起来：“当我真正感到无力回天时，就完全放松了！”
史玉柱后来曾总结在巨人大厦项目上的失误：
1992年，中国经济又上快车道，宏观调控也没开始，房地产形势特别好。虽然我手中只有几百万流动资金，但在1993年时，巨人M6403汉卡在市场上卖得非常好，销售额比上年增长了300％，一年要回报四五千万资金是不成问题的，这样两年就是1个亿。另外的1亿资金是靠卖楼花筹到的，因为房地产正热嘛。此外，施工过程中很多款可以等完工之后再付，这样就有资金使用周期的空当，实际建设中用不了2个亿。今天看来，38层的方案我们是能承担的。但是，巨人大厦后来改为72层，预算增加到12亿，大约要 6年完工。
从18层升至72层，为当时中国第一高楼，所需资金超过10亿元。史玉柱称：
到1996年6月前，我没感到资金紧张，生物工程方面的销售回款源源不断，账上的钱花都花不完。
史玉柱发动“三大战役”，其目的之一就是希望能够用保健品挣出来的钱，来维持巨人大厦的建设。但是要开启保健品市场，又需要卖楼花的钱。这是一个风险系数很高的游戏。只要一个环节出问题，那就会全盘皆输。
对于巨人大厦的筹资，史玉柱想“三分天下”，1/3靠卖楼花，1/3靠贷款，1/3靠自有资金。然而事实上令无数人惊奇的是，巨人大厦从1994年2月破土动工到1996年7月未申请过一分钱的银行贷款。等到巨人集团出问题，需要资金的时候，史玉柱才发觉民营企业从银行贷款有很大的难度。巨人危机的发生可以归结为多种因素，但巨人集团未能及时从危机中走出来，很大程度上却可以归结为一点：那就是史玉柱对金融运作的不熟悉以及与金融界的疏离。史玉柱对此表示：
关于借钱这个问题，很多人批评过我。但是在能够周转的时候，我还是坚持不借钱这个原则。这可能与我性格有关，我不擅长跟外面的人打交道，我想以后做稳一点。其实在巨人危机发生之前，有些钱已经不是自己的钱了，因为我们有债务，比如楼花。但是我们还以为是自己的钱。这个教训是要吸取的。
巨人集团失败的教训并没有让史玉柱改变对“贷款”的看法：
主营业务一定不能用银行贷款，否则压力会比较大，心里会不踏实。比如，保健品和网络游戏，它们需要的是长线投资，我们用的都是自有资金。如果真要贷款，对我来说也很容易，我的抵押物很硬，有22个亿。
巨人大厦项目的失败，让史玉柱总结出了一句后来常让他挂在嘴边的话：企业最怕在现金流上出问题，企业亏损不一定会破产，但现金流一断企业就会完蛋。
