随着立、审分立理念的确立，对于司法赔偿审判的工作，也必然要求做到司法赔偿案件审判工作上的立、审分立，要求切实贯彻法院内部职能和机构的“分立”原则。《人民法院五年改革纲要》确立起了“三分立”（立审分立、审监分立）原则。作为人民法院审判工作之一的国家赔偿审判工作件（这里主要指人民法院的司法赔偿审判，作为国家赔偿之一大类的行政赔偿已作为行政诉讼案件，按照行政诉讼法的相关规定，实行了立、审分立），也应该实行“三分立”，将国家赔偿案件的立案审查工作和案件办理工作，分开来进行。最高人民法院有关领导，也在国家赔偿工作相关会议上，对国家赔偿审判工作的立、审分立作了要求。但这一分立原则和具体要求，并未得到很好的落实和贯彻。
最高人民法院《关于刑事赔偿和非刑事司法赔偿案件立案工作的暂行规定（试行）》明确规定了，司法赔偿案件分由立案工作机构和赔偿委员会办公室负责。部分人民法院一直按照这一暂行规定，由立案工作机构和赔偿委员会办公室分别负责不同类型司法赔偿案件的立案工作。而有的人民法院根据有关人民法院审判工作内部职能分开设置的要求，以及《人民法院五年改革纲要》所确立的“三分立”原则，坚持法院立案工作上的立、审分立，在司法赔偿工作中也实行了立审分立，即统一由人民法院的立案工作机构负责各类司法赔偿案件的立案工作，而赔偿委员会办公室一概不负责司法赔偿案件的立案工作，即使是由人民法院赔偿委员会作出决定的司法赔偿案件，赔偿委员会办公室也不负责对其作立案审查。还有的人民法院，一时实行的是立案工作机构和赔偿委员会办公室分别负责不同的司法赔偿案件的立案工作，而一时又统一由立案工作机构负责对各类司法赔偿案件的立案工作，做法上也反反复复。
出现各人民法院在司法赔偿案件立案工作上的不同做法，主要原因在于，最高人民法院《关于刑事赔偿和非刑事司法赔偿案件立案工作的暂行规定（试行）》确立的立案机构和赔偿委员会办公室分别负责不同司法赔偿案件立案工作具体规定，《人民法院五年改革纲要》所确立的“三分立”原则，其间存在的矛盾和冲突有关。暂行规定要求立案机构和赔偿委员会办公室一同负责司法赔偿案件的立案工作，而改革纲要却确立起了立、审分立原则，要求不同，指导思想也不同，反映在司法赔偿实际工作中，就出现了司法赔偿案件立案工作上做法的多种多样，不统一。这一暂行规定的具体条文和改革纲要确立原则上的冲突和不同规定，是必须要妥善解决的，才能从法律规定的层面解决司法赔偿案件立案工作上法律规定不统一，实际操作方式不同的问题。
从司法实践工作来看，司法指导思想上的立、审分立，以及最高人民法院有关《关于刑事赔偿和非刑事司法赔偿案件立案工作的暂行规定（试行）》，在司法赔偿案件的立案工作上，是有内在根本矛盾和冲突的，表现在审判实践工作中，就是各级人民法院和各个人民法院在司法赔偿案件立案工作上的不规范、不统一，严重影响了司法赔偿办理工作质量和效率。从工作实际来看，以统一由人民法院的立案工作机构负责各类司法赔偿案件的立案工作为宜，更符合人民法院案件办理的工作实际。
立、审分立原则，就是人民法院的各类案件的立案工作，都应纳入到立案工作机构来负责，其他的审判工作机构只是在对经过立案工作机构立案并移送来的案件，进行审判和处理。按照立、审分立原则，司法赔偿案件，无论是哪一类的司法赔偿案件，其立案工作均应由人民法院的立案工作机构来负责。其实，这也涉及司法赔偿立案工作是否纳入大立案范围的问题，如果人民法院的其他案件均纳入了人民法院立案工作机构的负责范围，而一部分的司法赔偿案件却仍然由人民法院赔偿委员会办公室负责立案工作，立案工作机构并没有实现对所有案件的立案工作，则可以说，人民法院的大立案工作是不彻底的，还不是真正意义上的大立案。目前，部分人民法院的司法赔偿案件的立案工作由赔偿委员会办公室负责，司法赔偿案件从立案、审理到申诉复查各环节，均由赔偿委员会办公室一个部门办理，不符合立审分立、审监分立的原则要求，也不利于国家赔偿审判工作的开展和司法赔偿案件的管理，不利于严肃执法。赔偿请求人对此也常常提出质疑，说是赔偿委员会办公室自立自审，不予信任。大部分人民法院的司法赔偿案件的立案工作，也都纳入了大立案的范围，由人民法院的立案机构负责。为了切实落实“立、审分立”、“审、监分立”的原则，司法赔偿案件的立案权宜由人民法院的立案庭统一负责行使，纳入到立案机构的统一立案范围。在立案机构对赔偿请求人的司法赔偿申请进行审查，决定予以立案后，再移送赔偿委员会办公室办理。对于已经作出并生效的司法赔偿决定，赔偿请求人仍然提出异议和提起申诉的，也应由人民法院的立案工作机构统一来进行复查，审查原作出的决定是否合法，决定该司法赔偿案件是否进入再审程序，再行移送相关机构办理。由此，在司法赔偿案件办理工作中，要真正确立起立审分立、审监分立，以在司法赔偿审判工作中贯彻落实好《人民法院五年改革纲要》确立的“三分立”原则。
