虽然东京港和横滨港在震后第三天即重新开放，但是，港口部分设施损坏、货船集中到港、关东地区停电以及陆上交通阻滞等原因叠加，造成连日来港口作业效率极低、货物周转时间拉长，让处在航运交易链条上的班轮公司、船代货代及货主，个个蒙受损失。
中转周期拉长 引发运费问题
今年以来，国内港口抱团涨价事件，在下游引发了班轮公司转嫁上涨成本于货主的担忧。就在这块乌云依然笼罩未散的时候，大地震带来的日本航线通路不畅问题，使海运价格走势迷局渐趋明朗。
大连港集团一家货代公司声称，自周一开始，分管日本业务的部门就电话不断，来自客户的询问此起彼伏。发货方与收货方失联，收货方受创无法接货，以及收货方没有能力到其他港口接货等等，都是萦绕在货代公司周围的难题。
关于运费走势的猜想也在业内迅速升温。“也许在我们说话间，运费就上调了！”业务员小周说，虽然还不算明显，但目前由大连去往日本的货量已现减少之势，而箱量减少即意味着运营成本增加。更为严峻的是，日本东部港口目前的中转能力骤降，货船滞留港口的时间少则两天，多则三四天，班轮公司的运营步调就此紊乱，每耽搁一天便意味着数以万计的损失。在这样的背景下，运费随行就市步入上行通道已经成为业内的普遍共识。
大批量货物加剧压港形势
据中海集运大连公司相关人士介绍，大连方面的班轮公司在对日海上运输中派遣最多的，是3万吨～5万吨的集装箱船和散货船，另外10万吨船舶也使用频繁。每周，至少有15艘大型船舶从大连港出发东渡日本，去程多数为周六、周日出发，周五基本已返回大连。然而，震情引发的一系列问题将货船的正常运输周期打乱。这些大型船舶受制于港口装卸能力下降，滞留在港内的时间被成倍拉长。
“是时候考虑换下大船，让5000吨～10000吨的船舶执行赴日运输任务。”大连海事大学世界经济研究所所长刘斌认为，大船集中到港加剧着货物压港和船舶滞留的局势，而万吨左右的小船进出港口，则可以使港口作业效率得到立竿见影式的提高。“不过必须注意的是，不建议2000吨左右的船舶继续在大连与日本之间的航线上运行，仍有可能发生的余震，以及随之而来的风浪，可能置这些船舶于险境。”
除了班轮公司层面对船舶弃大用小，刘斌表示货主调整发货的规模和频次，也能最终达到缓解压港情况的目的。“把原本准备一次性大批量发送的货物，调整为小批量、多批次的发运，可以使货物周转速率提高，进而减小港口的堆存压力。”
箱量走势暂时呈现下行趋势
在航运市场多方采集到的信息表明，业内普遍认为3月份大连港和青岛港的吞吐量将受到日本航线箱量的减少而同比有所下滑。一位不愿透露身份的人士介绍说，大连港集装箱吞吐量的约30%由日本航线支撑，而本月这条航线上的箱量减少比例预计在15%～20%之间，他认为这样的形势或将持续几个月。
不过，在对航运市场的短期前景表达悲观的同时，大连航运界对日本灾后重建时期箱量走势的判断，却压倒性地看多。刘斌也持相同观点，他认为大概经过半年至一年的时间，大连的日本航线箱量有望回到正常水平。因为他日随着救灾接近尾声，灾后重建将迅速回归为第一要务，届时，日本社会对钢材、水泥、燃料等需求势必大增，将会有大量物资通过大连港运往日本，带动集装箱箱量和散货货量上升。“去年，中国从日本进口的钢材为778万吨，对日出口的却只有81万吨。而因为日本震后的重建需要，这一数字可能会出现大逆转。”
