对于大公司企业的运营，秦晓在接受记者采访时表示，大公司要加强总部控制，机构越大越需要集中式管理，结构松散，主业不清晰，会导致问题扩大化。
总部功能对大公司是一个比较大的问题，总部要有相对集权，对战略、财务、资本投资、机构设置、重要人事的任命、经营计划的预算，它都起主导作用。要是总部很弱，根本配置不了资源的话，全部投资都在下面子公司，总部也就没有用了。
以下是秦晓的主要观点：
产业重组
我当时就任招商局董事长时，情况跟所有其他国企一样，大量不良资产，利润很少，现金流不够，经常性的现金收入和经常性的现金支出的缺口高达8个亿，全年的赢利水平仅有4400万港元。存在的问题包括战略不清楚，结构松散，主业不清晰。大家都认为经营模式上多元化，管理上要分权，财务上通过借债扩大规模。因此，形成国企普遍出现横向多元化，纵向多级法人，总公司变成投资主体，决策不集中，财务压力大。
我认为招商局要用两三年时间改善财务结构和财务状况，同时也可以启动一些产业重组，两者相衔接。解决财务危机，标志性的指标就是缓解流动性问题，根据当时财务状况需卖资产还利息。
针对资产结构分散问题，我们把资产划分成主营资产、长期投资性资产、财务投资性资产，财务投资的资产就要根据收益还是亏损状况酌情处理，回收资本；长期投资性资产要有一定话事权，尽可能的纳入公司主业板块，形成联动效应；主营的业务要做长期的发展规划，符合企业战略。
组织架构上加强总部控制，招商局作为大公司，总部功能要凸显出来，把中间环节都打掉（如运输集团等）。
这样通过资产结构和组织架构两大调整，配套总部功能的重新定位，管理体系也就出来了。此如调整到2003年底，历史包袱和遗留问题基本解决，并且建立起了新的产业结构、资产结构、管理体系、队伍结构等，为步入一个新的发展期奠定了基础。
加强母公司职能
总部功能对大公司是一个比较大的问题，总部要有相对集权，对战略、财务、资本投资、机构设置、重要人事的任命、经营计划的预算，它都起主导作用。要是总部很弱，根本配置不了资源的话，全部投资都在下面子公司，总部也就没有用了。
从资产结构上、组织架构上，这两方面要做大的调整，招商局的调整力度也很大，我们对总部的功能重新论述了一下，重新界定总部功能，然后总部的功能是放在主架构上。这么一调的话，它的管理体系也出来了，总部功能界定以后，它的报告体系、考核体系和决策体系都不一样了，因为不是分公司决策的，而是由总部来决策。
管理体系和组织构架必须是配套的。上层是战略型的决策，下层是经营型的决策，这两者必须分开来。
国企改革思路应该是大体一致的，每个企业不一样，操作方式也不一样。至于中粮集团、中国远洋等企业在重组过程中，是不是明确提出总部功能，扁平化决策体系，经常性利润，核心产业培育等概念就不知道了，或许有这个思路但表述不一样。
在国外通常都没有母公司概念，都是整体上市的。中国既然有母公司概念，只要市场认为上市公司离不开母公司，总部对上市公司的影响力就依然存在，比如招商国际，市场肯定认为他对招商局集团的决策有很强的依赖性，母公司职能就要加强。
直到什么时候市场认为集团总部的存在对上市公司已经没有影响力了，集团总部就可以不存在了。
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