黑龙江省医药行业协会于2006年10月31日由黑龙江省民政厅批准登记，2007年1月30日召开首届会员大会暨创立大会，是由省内医药工商、医疗器械、药品包材等企业，医疗卫生、科研、教育等部门等共同发起成立的跨区域、跨系统、跨所有制的行业自律性组织，具有社会团体法人资格，是了解黑龙江省医药行业的窗口。
协会本着面向企业、面向行业、面向政府、面向社会全方位开展服务的宗旨，依据黑龙江省政府“六号令”赋予的工作职能，致力于贯彻国家政策、反映行业呼声、维护会员合法权益、传达政府要求，当好参谋助手。体现行业代表、行业自律、行业管理、行业协调、行业服务的协会特质，在政府与企业、企业与社会之间发挥桥梁和纽带作用。
黑龙江省医药行业协会设立若干工作部门，其中战略发展委员会聚集省内几十位有关权威人士和专家，为全省医药行业的发展战略及快速发展提供前瞻性支持与服务；医药行业专家委员会由几十位科研、技术、质量、环保、设备、经济等各方面专家组成，对行业发展中的重点项目及重点、难点问题进行咨询、诊断、论证、评估；协会秘书处作为协会常设工作机构，下设办公室、会员部、科教信息部等三个职能部门，处理日常性工作；异地代表机构是协会驻地以外的派出机构，代表黑龙江省医药行业协会在本区域内进行拓展和延伸性工作。
协会竭诚构架信息交流平台，创办和出刊了每月两期的《医药信息简报》、申请创办了双月刊的《黑龙江医药通讯》、筹建开通黑龙江医药行业协会网站（网址：WWW.HPPA.CN），可为会员单位和政府部门免费提供信息交流；协会竭诚提供经济信息服务，受黑龙江省经济委员会委托，承接了全省医药行业统计工作，随时掌握和汇总全省医药行业各项经济指标完成情况，可向会员单位和政府部门提供各项指标数据、排序以及经济运行情况分析等资料；协会竭诚推进行业技术进步与创新，受黑龙江省科学技术奖励委员会委托，承接了全省医药行业科学技术奖的初审、推荐工作，同时获准设立了黑龙江省医药行业科技进步奖，由协会组织每年一次的行业科技进步奖评审工作，可充分展示企业科技进步与创新的能力和成果；协会竭诚探寻帮助企业排忧解难的途径，受黑龙江省发展和改革委员会的委托，承接了对全省医药行业发展战略、宏观政策、管理机制等重大问题开展调查研究，对行业发展中重点、难点问题提出解决建议，协助政府部门对行业重大基建技改项目推荐、立项、评估等项工作，力求解除束缚医药产业发展的症结，切实加速黑龙江省医药支柱产业建设；
